FSC森林认证有两种费用：直接费用即认证本身的费用和间接费用即为满足认证要求，森林经营单位在提高管理水平、调整经营规划、培训员工等方面所支付的费用。多数情况下，后者比前者更高。

直接费用

直接费用又称固定费用，它包括：森林评估和审计费用；年度审计费用。

影响因素有：认证机构评估的可行性；认证实施的难易程度和规模；森林经营单位管理体制的效果和透明度；森林经营单位的大小、管理结构的复杂程度、生物多样性的丰富程度、社会环境的多样性以及有关活动记录的清晰程度。一般来说，热带雨林的认证费用要高于温带林，天然林的认证费用要高于人工林。

间接费用

间接费用又称可变费用，它与认证单位实施的森林经营体系质量有关。良好的森林经营体系就不必对现有的森林经营长远规划、森林作业操作规程做大的调整，也不必为培训、森林经营等进行更大的投入，从而减少为通过认证而在这些方面所支付的费用。

认证费用与认证森林的规模相关。在同等经营水平下，规模小的森林比规模大的森林的认证费用要高。